Mons. Mancilla nació el 27 de enero de 1950 en San Luis Potosí. Realizó sus estudios de humanidades, filosofía y teología en el Seminario Diocesano de San Luis Potosí. Fue ordenado presbítero en la Catedral de dicha diócesis.
Fue nombrado Obispo titular de Reperi y Auxiliar de Texcoco, el 23 de mayo de 2001 y consagrado Obispo el día 24 de junio del mismo año. Para el trienio 2004-2006 es elegido presidente de la Comisión Episcopal de Pastoral Bíblica. El 8 de noviembre de 2005, Su Santidad Benedicto XVI lo designa Obispo de la Diócesis de Ciudad Obregón, Sonora, siendo así el V Obispo de dicha diócesis. Tomó cargo el 12 de enero de 2006.
Para el trienio 2007-2009 es elegido representante de la Provincia Eclesiástica de Hermosillo y responsable de la Dimensión de Pastoral Bíblica de la Comisión Episcopal para la Pastoral Profética. El 18 de junio de 2009, el Santo Padre Benedicto XVI lo nombra Obispo de Texcoco.
Con la llegada de Mons. Juan Manuel inicia una etapa nueva en la historia de la diócesis. El Señor nos ha bendecido con un pastor que conoce muy bien la realidad diocesana, que siempre está disponible para atender a sus sacerdotes y que se caracteriza por su sensibilidad con la gente más necesitada. Con la ayuda de Dios y el acompañamiento de nuestro pastor estamos seguros de que seguiremos creciendo en la fe y el amor a Dios y a nuestros hermanos.
Después de haber seguido paso a paso los acontecimientos más relevantes de nuestra diócesis durante estos cincuenta años de vida, nos corresponde ahora seguir trabajando unidos con nuestro obispo Juan Manuel Mancilla Sánchez para que nuestro Señor Jesucristo sea conocido en nuestras Comunidades Parroquiales. Esta presentación es un homenaje a los sacerdotes y fieles, que han trabajado con esmero en nuestra Iglesia Particular de Texcoco que peregrina en México.
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